flyway で locations オプションを付けたら以下のエラーが出た。
ERROR: Unable to scan for SQL migrations in location: classpath:/xxx/xxxx
パスの指定方法が問題だった。
以下のように filesystem: を付けないとダメ。
-locations=filesystem:/vagrant/db/sql/
解決方法は以下に載ってました。
http://stackoverflow.com/questions/29146920/flyway-3-2-unable-to-scan-for-sql-migrations-in-filesystem-location