/usr/bin/mysqld_safe を実行する前に初期化処理を実行しないといけない。
mysql_install_db を実行してあげればOK。
FROM cd934e0010d5 MAINTAINER f_takahashi RUN yum -y install mysql-server RUN chkconfig mysqld on CMD ["/usr/bin/mysqld_safe"]
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FROM cd934e0010d5 MAINTAINER f_takahashi RUN yum -y install mysql-server RUN chkconfig mysqld on RUN /usr/bin/mysql_install_db CMD ["/usr/bin/mysqld_safe"]